Ve srovnání s integrovanou produkcí, kde je přípustné použití ekotoxikologicky akceptovatelných syntetických pesticidů a díky tomu je v naprosté většině případů možné reagovat na překročení prahu hospodářské škodlivosti chorob či škůdců aplikací některého pesticidu, je ochrana v organické produkci postavena především na prevenci. Jde jak o posilování vlastní obranyschopnosti pěstovaných keřů révy, především proti napadení hlavními houbovými chorobami a diverzifikaci ekosystému vinice, tak o stabilizaci celého agroekosystému vinice.

Obranyschopnost rostlin je dána jednak genomem pěstovaných kultivarů révy. Z tohoto hlediska jsou v organickém vinohradnictví preferovány jak odolnější kultivary evropské révy, tak interspecifické odrůdy.

Další možností zvyšování obranyschopnosti rostlin révy přináší aplikace moderních prostředků na bázi jemně mletých jílovitých zemin a rostlinných výluhů, po jejichž aplikaci dochází v buňkách zelených částí révy ke zvyšování hladiny fytoalexinů (např. resveratrol), které zodpovídají na buněčné úrovni za odolnost vůči napadení rostlin patogeny.

Třetí možnost zvyšování přirozené odolnosti révy je dána přeměnou vinice z monokultury, a z ní plynoucího stresu, v druhově bohatý agroekosystém. Tímto způsobem je možno díky působení tisíců organizmů osidlujících bohatý agroekosystém jak v půdě, tak mimo ni podstatně zvýšit stabilitu vinice jako celku. Příkladem zde můžou být mykorhyzní houby a mnohé další půdní mikroorganizmy zlepšující biologickou, fyzikální a chemickou struktury půdy.

Tyto organizmy zmírňují stres ve výživě a příjmu vody rostlinami. Kultivací druhově vhodných směsí rostlin v meziřadí révy je možné systematicky dlouhodobě zvyšovat obsah organické hmoty a tím i humusu v půdě, což má na rostliny révy blahodárný vliv. Obecně platí, že organické vinohradnictví vyžaduje pečlivější provedení „zelených prací“. Ale i v tomto systému se dnes ověřují technologie s minimem ruční práce.

Z širokého spektra pesticidů, které je povoleno k aplikaci v IP v organickém vinohradnictví zůstává povolena pouze aplikace přípravků na bázi mědi a síry, přičemž celkové množství aplikované čisté mědi je limitováno 6 kg/ha/rok